El procedimiento se basa en el principio de que un colon no saludable está lleno de materia fecal, gases y depósitos de moco, particularmente frecuente en las personas que llevan una dieta occidental, excesivamente rica en proteínas animales y en alimentos refinados. El colon, al no desechar toda la materia fecal, se convierte en un proveedor de toxinas.

La finalidad de la hidroterapia de colon es realizar un lavado completo de las paredes intestinales de manera que se libere al organismo de dichas toxinas, las cuales están relacionadas con los problemas de salud que se tengan, sean cual sean.

La diferencia entre un enema y la HDC es que con el primero solo se introduce agua a una cantidad mucho menor comparada con la que entra en la HDC, por ello, solo llega a porciones terminales del intestino, mientras que con la segunda, se introduce agua en cantidades importantes (aproximadamente 150 litros) con un aparato que la introduce y extrae junto con toda la materia fecal colónica.